Trong thế giới côn trùng, tốt nhất là không nên gây hấn với những con mối già vì khi bị chọc giận, chúng có thể trở thành những kẻ khủng bố đánh bom tự sát, theo một nghiên cứu mới. Nghiên cứu vừa công bố trên số mới nhất của tạp chí Science dường như cho thấy, tự nhiên đã đền bù cho những sinh vật già yếu khả năng đánh trả, mặc dù chúng không còn sống để kể về chiến công hiển hách của mình sau đó. Một con mối chiến binh (cơ thể to lớn) bên cạnh các mối thợ. Phần màu xanh dương ở nơi tiếp giáp giữa ngực và bụng của một số mối thợ là nơi chứa chất độc có thể phát nổ như bom. Các con mối rốt cuộc cũng có điểm chung với các điệp viên trong thế giới loài người. Trong các bộ phim tình báo ly kỳ, thường khi các mật vụ bị bắt giữ, cuối cùng họ vẫn “thắng” nhờ một viên thuốc độc xyanua giấu trong miệng. Một khi nhai viên thuốc độc, người điệp viên sẽ chết, xóa sạch mọi cơ hội tra tấn và moi tin mật của kẻ thù. Điều này thực tế đã xảy ra trong Thế chiến thứ hai. Các con mối cũng có hành động tương tự, nhưng thậm chí còn đẩy nó tới một bước xa hơn khi trừ khử không chỉ bản thân mà còn cả những kẻ khác xung quanh chúng. Jan Šobotnik - một chuyên gia đến từ Viện Khoa học Cộng hòa Séc và các cộng sự đã nghiên cứu về loài mối Neocapritermes taracua vốn xuất hiện chủ yếu ở Trung và Nam Mỹ. Họ phát hiện, rất nhiều con mối thợ có các điểm màu xanh dương nằm tiếp giáp giữa ngực và bụng. Kích cỡ của những điểm màu xanh này rất khác nhau và thậm chí một số mối thợ không có chúng. Các nhà nghiên cứu nhận thấy, những điểm màu tươi tắn này hóa ra là nơi chứa chất cực độc, bao gồm các tinh thể protein chứa đồng được xếp thành từng cặp. Các tinh thể này sẽ được kích nổ khi chúng tiếp xúc với nước bọt của mối. Ảnh phóng to chất nổ màu xanh trong "ba lô" của mối thợ. (Ảnh: Discovery) Khi một con mối hiếu chiến phạm một sai lầm không thể vãn hồi là cắn vào một trong những con mối mang chất độc, thì “đùng” - chất độc sẽ phun ra như bom nổ, giết chết “khổ chủ”, kẻ tấn công và có thể cả những kẻ khác ở gần kề đó. Trang Discovery dẫn lời các nhà nghiên cứu nhận định: “Vì mối thợ đảm nhiệm hàng loạt các nhiệm vụ khác nhau, nên khả năng sẵn sàng phòng vệ bằng cách tự sát như vậy dự kiến sẽ tăng lên khi khả năng thực hiện các nhiệm vụ khác của chúng giảm xuống”. Nhận định của các nhà nghiên cứu hóa ra lại đúng. Họ phát hiện, khi mối thợ già đi và phần miệng của chúng “cùn” hơn, trọng lượng các tinh thể trong “ba lô xanh” trên lưng chúng lại tăng lên. Mặc dù khả năng ăn mòn của mối già giảm xuống nhưng những con côn trùng này đã trang bị cho mình vũ khí đánh bom tự sát trong cuộc chạm trán với kẻ thù.

Theo Vietnamnet

Lần đầu tiên trong lịch sử y khoa, giới khoa học đã giải mã được toàn bộ chuỗi gene của tế bào tinh trùng người. Công trình nghiên cứu của Đại học Stanford (Mỹ), được đăng trên chuyên san Cell, có thể giúp các nhà nghiên cứu hiểu được sự pha trộn về gene để đảm bảo các hậu duệ mang bộ gene hỗn hợp từ cả cha lẫn mẹ. Việc phân tích được bộ gene tinh trùng đóng vai trò quan trọng cho các nghiên cứu sau này - (Ảnh: Shutterstock) Trong cuộc nghiên cứu, nhà kỹ sư sinh học Stephen Quake và đồng sự đã xâu chuỗi được toàn bộ 91 tế bào gene của một đối tượng 40 tuổi, có mẫu tinh trùng khỏe mạnh và sinh con bình thường. Các nhà nghiên cứu phát hiện một mức độ biến thiên đáng kinh ngạc giữa các tế bào. Chẳng hạn, hai trong số các tế bào tinh trùng mất hẳn toàn bộ nhiễm sắc thể. Giao tử, tế bào trứng và tế bào tinh trùng, giữ phân nửa số lượng ADN so với các tế bào khác trong cơ thể. Tế bào người chứa 23 cặp nhiễm sắc thể, trong khi tế bào trứng và tinh trùng chỉ “ngậm” 23 nhiễm sắc thể đơn, nhằm bảo đảm sự kết hợp giữa cha và mẹ không bao giờ quá 23 cặp ở con. Trước nghiên cứu của Mỹ, giới khoa học bị giới hạn bởi việc nghiên cứu gene trong các nhóm lớn đối tượng và buộc phải ước tính số lượng các cặp tổ hợp xuất hiện trong giao tử. Tuy nhiên, trong báo cáo mới nhất, các chuyên gia có thể so sánh tế bào tinh trùng của người hiến với các tế bào còn lại trong cơ thể. Việc hiểu được bộ gene tế bào tinh trùng có thể mang lại những ứng dụng trong nghiên cứu ung thư, điều trị vô sinh và các rối loạn khác, theo chuyên gia Quake.

Theo Thanh Niên

Một loại “bom thông minh” có thể cùng lúc tấn công các tế bào ung thư vừa tăng cường hệ miễn dịch cho cơ thể. Theo DailyMail, loại bom này vừa được các nhà khoa học thử nghiệm thành công trên những con chuột bị ung thư da melanoma đã bị di căn tới phổi. Trong cuộc thử nghiệm, những tinh cầu rỗng tí hon bị mắc kẹt bên trong các mạch máu của khối u sẽ giải phóng một loại thuốc chống ung thư cực mạnh. Các tinh cầu NLGs đủ nhỏ để theo máu phân phối đi khắp cơ thể, nhưng lại đủ lớn để kẹt lại trong các mạch máu của khối u ung thư và giải phóng ra thuốc kháng ung thư cực mạnh. Đồng thời, những tinh cầu có tên khoa học là nanolipogels s (NLGs) này còn tiết ra một loại protein đồng minh với cơ chế tự vệ của cơ thể bệnh nhân. Theo các nhà nghiên cứu, công nghệ mới này đã khắc phục được một vấn đề lớn trong điều trị ung thư từ trước tới nay, nếu sử dụng các liệu pháp thông thường. Các khối u ác tính thường tiết ra những hóa chất gây nhiễu loạn hệ miễn dịch cơ thể, khiến cho cơ thể bị mất phương hướng và không biết phải “phòng thủ” từ đâu. Thế nhưng những nỗ lực để vừa trung hóa hóa chất ác tính của khối u, vừa củng cố tính đề kháng của bệnh nhân rất hiếm khi đạt được kết quả. Theo Tạp chí Nature Materials, NLGs đã thành công trong việc kết hợp hai loại phân tử hoàn toàn khác nhau. Một loại được thiết kế để vượt qua vũ khí tự vệ của tế bào ung thư là TGF-beta, chính là thủ phạm gây “mù mắt” hệ miễn dịch. Loại phân tử còn lại sẽ kích thích và ra tín hiệu chỉ dẫn cho các hoạt động miễn dịch, Tiến sĩ Stephen Wrzesinski thuộc Đại học Dược Yale (Mỹ) cho biết. Sở dĩ nhóm nghiên cứu lựa chọn bệnh ung thư da melanoma là vì đây là loại bệnh ung thư điển hình của miễn dịch trị liệu. Trước đây, các phương pháp trị liệu truyền thống đều gặp khó khăn trong việc vừa kiểm soát các độc chất do khối u tiết ra, lại vừa phân phối kháng thể đi khắp cơ thể. Hệ thống NLGs mới đủ nhỏ để có thể được phân phối khắp cơ thể thông qua đường máu, nhưng lại đủ lớn để bị kẹt lại trong những mạch máu của khối u ung thư. Một khi bị mắc kẹt, chúng sẽ phân hủy để giải phóng thuốc chữa bên trong.

Theo Vietnamnet, Dailymail

Với giá lên tới hàng trăm triệu đồng cho mỗi kg, tổ chim yến được xem là một trong số những loại thực phẩm đắt nhất trên hành tinh mà nhiều người thường gọi đùa là“vàng trắng”. Làm từ chính nước bọt của một loài chim yến nhỏ chuyên sống trong các hang động ở châu Á có tên swiftlet, tổ yến được xem là thức ăn rất có lợi cho sức khỏe với giá trị dinh dưỡng cao, thậm chí còn là thành phần không thể thiếu trong 1 số loại mỹ phẩm làm đẹp, theo sách Y học cổ truyền Trung Quốc. Ngoài ra, đây còn là vị thuốc hữu hiệu giúp chống lão hóa, ngăn ngừa ung thư, nâng cao ham muốn tình dục... Tổ yến có giá lên tới hàng trăm triệu đồng cho mỗi kg. Tuy nhiên, trong một bài viết trên tạp chí Nghiên cứu Thực phẩm Quốc tế mới đây, 2 chuyên gia Fucui Ma và Daicheng Liu đến từ Đại học Sơn Đông (Trung Quốc) nhận định khoa học hiện đại không thể tìm ra và giải thích được khả năng chữa bệnh tuyệt vời của món súp yến.“Những ảnh hưởng lên cơ thể và giá trị chữa bệnh thực sự của nó vẫn còn là câu hỏi đối với y học”, họ nói. Yến swiftlet sống trong các hang động đá vôi quanh khu vực Ấn Độ Dương, Nam Á, Đông Nam Á, phía bắc Australia và những hòn đảo Thái Bình Dương. Con đực làm nhiệm vụ xây tổ trên các vách đá thẳng đứng. Cho nên, việc thu hoạch chúng là quá trình rất nguy hiểm đòi hỏi sự kiên trì, tỉ mẩn pha chút liều lĩnh. Protein với các axit amin thiết yếu là thành phần chủ yếu được tìm thấy trong tổ yến. Bên cạnh đó, nó cũng chứa 6 loại hormone (bao gồm cả testosterone và estradiol), hợp chất carbohydrate, lượng nhỏ lipid. Không ít nghiên cứu trước đây đã chỉ ra rằng, tổ yến còn chứa nhiều chất có thể kích thích quá trình phân chia tế bào, thúc đẩy sự tăng trưởng và tái tạo mô, hạn chế bệnh nhiễm trùng như cúm. Mặc dù vậy, không phải cơ thể ai cũng phản ứng tốt với các thành phần đó. Trong nhiều trường hợp, đây là nguyên nhân gây ra sốc phản vệ, một loại phản ứng dị ứng nghiêm trọng đe dọa tính mạng người sử dụng. Cho đến nay, vẫn còn quá ít nghiên cứu khoa học đi sâu tìm hiểu chức năng sinh học của nó mà hầu hết vẫn chỉ dựa trên nguồn thông tin từ những bài thuốc cổ truyền Trung Hoa có từ hàng trăm năm trước. Tham khảo: Livescience

Theo Đất Việt, Livescience

Qua việc đọc gene người có thể tìm ra các gene tốt để cải tạo giống nòi, đồng thời giúp phát hiện, chẩn đoán và điều trị bệnh dễ mắc phải của người được đọc gene. Bộ KH&CN vừa làm việc với Viện KH&CN về Dự án khả thi giải mã trình tự và phân tích bộ gene người Việt Nam. PGS.TS Nông Văn Hải, Phó Viện trưởng Viện Công nghệ Sinh học cho biết: Đến nay, các nhà khoa học, chuyên gia nghiên cứu về gene thuộc Viện Công nghệ Sinh học đã giải mã được 16.000 gene ty thể của 9 cá thể thuộc 3 dân tộc Kinh, Tày, Mường và tiến hành xây dựng cơ sở dữ liệu ban đầu về hệ trình tự gene người Việt Nam. Giải mã hệ gene không chỉ giúp phát hiện, chẩn đoán và điều trị bệnh mà còn tìm kiếm được các gene tốt nhằm cải tạo giống nòi. PGS.TS Nông Văn Hải cũng cho biết, kết quả nghiên cứu từ các dự án, chương trình cho thấy, các chủng tộc, các cá thể người giống nhau đến 99,9% và chỉ khác nhau về một tỷ lệ rất nhỏ (0,1%) về cấu trúc hệ gene. Tuy nhiên, phần khác biệt rất nhỏ này lại có ý nghĩa quyết định đối với đặc điểm nhân chủng học, sức khoẻ giống nòi của cả một dân tộc; là yếu tố di truyền liên quan đến sức khoẻ của mỗi cá thể. "Việc giải mã, so sánh toàn bộ hệ gene biểu hiện (exome) của một số người mắc các bệnh như bệnh di truyền, bệnh ung thư, tiểu đường, tim mạch... ở Việt Nam giúp phát hiện các chỉ thị phân tử cho chẩn đoán và điều trị bệnh. Bên cạnh đó, giải mã hệ gene của các cá thể có thể trạng tốt, tuổi thọ cao (trên 100 tuổi), các tài năng đặc biệt về thể thao, toán học, âm nhạc, khoa học, quản lý... sẽ tìm kiếm được các gene có liên quan nhằm cải tạo giống nòi", PGS.TS Nông Văn Hải cho biết. Giải mã gene giúp tìm kiếm chọn lọc các gene tốt nhằm cải tạo giống nòi. Chưa thể kết luận đặc điểm chung của gene người Việt PGS.TS Trương Nam Hải, Viện trưởng Viện Công nghệ Sinh học cho hay, trong nghiên cứu sinh học, nhiều khi bộ gene không khác nhau nhiều nhưng sự thể hiện mạnh, yếu ở mặt nào thì lại do môi trường sống. Ví dụ, với 1.000 gene thì cả 1.000 gene không phải lúc nào cũng biểu hiện hết ra mà có lúc chỉ có 150 gene, có lúc chỉ thể hiện 100 gene... Số lượng gene thể hiện lại phụ thuộc vào môi trường và việc các gene đó phối hợp với nhau như thế nào. Việc chỉ thể hiện ở một trạng thái nhất định trong gene, biểu hiện sẽ khác với trạng thái mà có 150 gene thể hiện. Cái khác đó lại do điều kiện quyết định. Điều kiện sẽ quyết định gene gì biểu hiện tại thời điểm đó. Ví dụ, một người ở Việt Nam làm một công việc nào đó ổn định trong nước nhưng khi ra nước ngoài trong một điều kiện sống khác, luật khác... thì người đó sẽ có thể hiện mới phù hợp với điều kiện bên ngoài. Môi trường bên ngoài như thế nào để các gene bên trong thể hiện, là hai quan hệ mật thiết. Vì thế, đặc điểm của người phương Đông hay phương Tây chỉ là sự biểu hiện các gene khác nhau chứ không phải là sự khác nhau về gene. Hiện Viện Công nghệ Sinh học đã nghiên cứu xong bộ gene ty thể của 54 chủng tộc người Việt Nam. Đó là nghiên cứu đầu tiên ở Việt Nam về bộ gene người Việt. Tuy nhiên, PGS.TS Trương Nam Hải cũng cho biết, nghiên cứu trong nước về gene người Việt chưa nhiều và chưa có hệ thống nên thời điểm này chưa thể nói được đặc điểm chung của gene người Việt Nam. Trên thế giới, họ phải nghiên cứu tổng thể trước về bộ gene rồi mới đưa ra được những đặc điểm chung. Sau khi nghiên cứu giải mã gene người xong thì người ta phát hiện có một số thay đổi về mặt di truyền, nó cũng phụ thuộc vào từng chủng tộc người. Những sự khác nhau đó liên quan đến một số bệnh, mà ở chủng tộc người này bị mắc nhiều hơn ở chủng tộc người khác. "Để hiểu được đặc điểm di truyền bộ gene người Việt thì mục tiêu đưa ra có tính định hướng đến 2020, nếu được đầu tư thoả đáng và làm gấp rút thì khoảng 4,5 năm nữa sẽ có câu trả lời. Tổng số tiền cho trang thiết bị là khoảng 20 - 30 triệu USD; sau đó là đầu tư cho trang thiết bị hoá chất, vật tư, con người", PGS.TS Trương Nam Hải cho biết.

Theo Bee

Giáo Trình Công nghệ sinh học môi trường 

http://sinhhoc.blogspot.com 

           Công nghệ sinh học môi trường tham gia vào các quá trình xử lý nước cấp, nước thải, bùn thải, nước mặn bị ô nhiễm, đất ô nhiễm, khí ô nhiễm và còn có thể dùng như công cụ để điều tra đánh giá ô nhiễm...

link download : Giáo Trình Công nghệ sinh học môi trường 

http://www.mediafire.com/?5wqjmpurtrragob

Sự dối trá, giả tạo đã len lỏi trong khoa học bằng các công trình sao chép… Với những tồn tại này, khoa học không thể mong lĩnh vực khoa học-công nghệ có những công trình sáng giá.

Đây là những ý kiến tâm huyết của không ít nhà khoa học đầu ngành tại buổi đóng góp ý kiến cho Luật Khoa học và công nghệ (KH-CN) sửa đổi do Liên hiệp các hội khoa học và kỹ thuật Việt Nam (VUSTA) tổ chức vào hôm 5.7 tại Hà Nội. Dự kiến Luật sẽ trình Quốc hội vào năm 2013.

Trả lại sự nghiêm túc cho khoa học

Trình bày về sự cần thiết phải sửa đổi luật, ông Đỗ Hoàng Giang, Vụ Phápchế, Bộ Khoa học và Công nghệ (KH-CN) cho rằng, Luật KH-CN đã đượcban hành cách đây 12 năm và đến nay, đã bộc lộ một số bất cập về nội dung cũng như hình thức văn bản. Có nhiều quy định không còn phù hợp với thực tiễn và hệ thống pháp luật hiện hành; nhiều điều khoản còn chung chung, hiệu lực thi hành thấp… Dự thảo Luật sửa đổi gồm có 80 điều, chia thành 8 chương (bỏ 14/59 điều, sửa đổi 39/59 điều của luật hiện hành, bổ sung 35 điều mới).

Luật sửa đổi đã thể hiện rõ ước vọng tháo gỡ những vướng mắc, tắc nghẽn trong cơ chế tài chính, quản lý khoa học… Tuy nhiên, có rất nhiều điểm cácnhà khoa học mong muốn được thể hiện rõ và chặt chẽ hơn.

Nếu không có động lực, sẽ khó để khoa học phát triển

Giáo sư-Viện sĩ (GS.VS) Trần Đình Long, Chủ tịch Hội giống cây trồng Việt Nam nêu, vấn đề tài chính và tín dụng cho KH-CN (điều 54-59) hiện nay vẫn là khúc mắc nhất, nhưng trong dự thảo còn khá chung chung. Khoản 5 của điều 54 ghi rõ các nhiệm vụ KH-CN sử dụng ngân sách nhà nước được thực hiện theo cơ chế khoán chi và được cấp kinh phí chủ yếu thông qua các quỹ trong lĩnh vực KHCN. Thế nhưng khoán như thế nào mới là điều cần bàn thìlại chưa được thể hiện. “Cần phải có quy định cụ thể các đề tài dự án phải được kiểm toán độc lập, công khai, minh bạch để không làm khó cho các chủ nhiệm”.

Báo Đất Việt phối hợp với Trung tâm Nghiên cứu và Phát triển truyền thông khoa học-Công nghệ, Bộ KH&CN tổ chức buổi Giao lưu trực tuyến với chủ đề “Đổi mới quản lý KH&CN, phương thức đầu tư, cơ chế tài chính và phát triển nguồn nhân lực KH&CN” vào hồi 9 - 11h ngày 10/7/2012 tại Trụ sở Báo Đất Việt (108 Trường Chinh, Đống Đa, Hà Nội).

Một thực tế cũng được VS Long nêu, yêu cầu xuất hóa đơn tài chính, khi nhà khoa học nghiên cứu về giống, thấy giống của người nông dân tốt, muốn mua, song làm sao nôngdân có hóa đơn đỏ để xuất. Khi đó, chủ nhiệm đề tài lại lo đi “chạy” hóa đơn. Đây là một cáchlàm gian dối nhưng vẫn buộc phải thực hiện và đôi khi mất tới 75% quỹ thời gian thực hiện đề tài.

TS Nguyễn Ngọc Kính, Hội Giống cây trồng Việt Nam cũng nêu hàng loạt bức xúc. Ôngcho rằng Luật KH-CN sửa đổi phải làm chặt chẽ hơn nữa để trả lại sự nghiêm túc cho khoa học. Thực tế hiện nay có quá nhiều chươngtrình, đề tài, dự án chồng chéo nhưng rồi vẫn nghiệm thu và cho qua. TS Kính nêu ví dụ, Bộ KH-CN có rất nhiều chươngtrình KH-CN trọng điểm cấp nhà nước (mang mã số KC) như KC04 - Nghiên cứu, phát triển và ứng dụng công nghệ sinh học, Bộ Nông nghiệp vàphát triển nông thôn lại có Chương trình phát triển sinh học trong nông nghiệp kinh phí lên tới hàng trăm tỉ. Với các Chương trình KC, Bộ KH-CN có thể thành lập hội đồng liên ngành để nghiệm thu, nhưng với những chương trình lớn hàng trăm tỉ của các bộ khác ai sẽ là người đứng ra thẩm định (?!).

GS.TSKH Nguyễn Đức Ngữ, Trung tâm KH-CN Khí tượng Thủy văn và Môi trường cũng nêu một sự “lộn xộn” đang tồn tại. Bản thân GS Ngữ từng chứng kiến một vị không biết gì về khí hậu nhưng lại chủ nhiệm 2 đề tài. Đến mức, ngay cả việc tính tổng lượng mưa cũng không biết tính thế nào. Thế nhưng, họ lại được quyền đứng tên 2 đề tài vì là lãnh đạo Viện và điều đó đang được Luật KH-CN cho phép. “Điều này cần phải được điều chỉnh trong Luật sửa đổi để những việc “chướng tai gai mắt” không còn tồn tại nữa”, GS Ngữ nói.

Phải tạo được động lực

Hành lang pháp lý không rõ ràng sẽ tạo những kẽ hở dễ “lách”, để rồi những người làm thật ngày càng nản. GS Ngữ như nói từ tâm can mình, rằng nếu không sửa đổi, khoa học thực sự sẽ còn đi xuống nữa. “Nếu chỉ nói vài câu chung chung KH-CN là động lực, quốc sách hàng đầu mà không có động lực và giải pháp thực sự thì kể cả đầu tư tài chính nhiều hơn nữa thì vẫn sẽ là yếukém và thiếu hiệu quả”, GS Ngữ bức xúc.

GS.TS Nguyễn Minh Thuyết, nguyên Đại biểu Quốc hội cũng nêu, đầu tư cho KH-CN chưa tương xứng với vị trí quốc sách hàng đầu. Ngân sách nhà nước chỉ dành cho KH-CN được 2% nhưng không không phải tỉnh nào cũng chi đủ. Trong khi đó, đầu tư từ các nguồn lực xã hội cho KH-CN gần như khôngđáng kể. Các doanh nghiệp thì tìm cách mua công nghệ thiết bị lạc hậu đã qua sử dụng ở nước ngoài để kiếm lời nhờ chênh lệch giá… Những vướng mắc đã phần nào thể hiện được trong dự thảo luật nhưng nhìn chung vẫn chưa nêuđược những giải pháp cụ thể.

GS-VS Long cho rằng, Luật sửa đổi cần phải quy rõ trách nhiệm để từ cơ quan quản lý đến chủ nhiệm đề tài có trách nhiệm hơn với kết quả nghiên cứu,tránh tình trạng rút tiền xong, kết quả bỏ ngăn kéo.

Bích Ngọc

Primer3 là chương trình được sử dụng phổ biến để thiết kế mồi (primer) cho phản ứng PCR (Polymerase Chain Reaction).  Đây là chương trình mã nguồn mở, do Steve Rozen and Helen Skaletsky phát triển tại Whitehead Institute và Howard Hughes Medical Institute, USA. (http://frodo.wi.mit.edu/primer3/)

Primer3 cũng có thể dùng để thiết kế các mẫu dò (probe) và các primer cho giải trình tự.

Vì PCR được sử dụng cho nhiều mục đích khác nhau nên Primer3 có nhiều các thông số mà bạn có thể điều chỉnh để tạo ra những primer tốt nhất cho mục đích của bạn.

Đây là giao diện của chương trình Primer3:

 (http://frodo.wi.mit.edu/primer3/input.htm)

Ở đây tôi chỉ hướng dẫn các bạn sử dụng chương trình này một cách đơn giản nhất thông qua ví dụ sau:

VD: Một loài thực vật hoặc vi sinh vật nào đó đã được chuyển gene biểu hiện protein huỳnh quang eGFP (enhanced green fluorescent protein).       Bây giờ sinh vật này đã có thể phát sáng, nhiệm vụ của bạn là thiết kế primer đặc hiệu cho gene eGFP để kiểm tra xem gene này đã được gắn vào genome của sinh vật hay chưa.

Nấm được chuyển gene eGFP

Để thiết kế mồi, bạn cho trình tự của gene eGFP (720 bp) vào khung chính của Primer3:

ATGGTGAGCAAGGGCGAGGAGCTGTTCACCGGGGTGGTGCCCATCCTGGTCGAGCTGGACGGCGACGTAA

ACGGCCACAAGTTCAGCGTGTCCGGCGAGGGCGAGGGCGATGCCACCTACGGCAAGCTGACCCTGAAGTT

CATCTGCACCACCGGCAAGCTGCCCGTGCCCTGGCCCACCCTCGTGACCACCCTGACCTACGGCGTGCAG

TGCTTCAGCCGCTACCCCGACCACATGAAGCAGCACGACTTCTTCAAGTCCGCCATGCCCGAAGGCTACG

TCCAGGAGCGCACCATCTTCTTCAAGGACGACGGCAACTACAAGACCCGCGCCGAGGTGAAGTTCGAGGG

CGACACCCTGGTGAACCGCATCGAGCTGAAGGGCATCGACTTCAAGGAGGACGGCAACATCCTGGGGCAC

AAGCTGGAGTACAACTACAACAGCCACAACGTCTATATCATGGCCGACAAGCAGAAGAACGGCATCAAGG

TGAACTTCAAGATCCGCCACAACATCGAGGACGGCAGCGTGCAGCTCGCCGACCACTACCAGCAGAACAC

CCCCATCGGCGACGGCCCCGTGCTGCTGCCCGACAACCACTACCTGAGCACCCAGTCCGCCCTGAGCAAA

GACCCCAACGAGAAGCGCGATCACATGGTCCTGCTGGAGTTCGTGACCGCCGCCGGGATCACTCTCGGCA

TGGACGAGCTGTACAAGTAA

Bạn hãy nhấp chuột vào Pick Primers để tìm ra cặp primer tốt nhất (mồi bên trái và mồi bên phải) mà chương trình đề nghị.

Kết quả là bạn sẽ nhận được 1 cặp mồi chính (ở đầu cửa sổ) 

và 4 cặp mồi bổ sung (ở cuối cửa sổ)

Tuy nhiên các cặp mồi chính và phụ chỉ cho sản phẩm PCR với kích thước <220 bp và chỉ phù hợp cho Real-Time PCR. Đối với PCR thông thường, sản phẩm nên >250 bp để dễ dàng quan sát được trên bản Gel sau khi điện di.

Để nhận được cặp mồi hoàn hảo cho sản phẩm > 250 bp (thường là 500-1000 bp), bạn có thể sử dụng mẹo như sau:

Bạn kết hợp mồi trái của cặp mồi chính với mồi phải của một trong các cặp mồi phụ (2 hoặc 3 hoặc 4): copy mồi trái của cặp chính và mồi phải của cặp phụ, dán vào khung dành cho mồi trái và mồi phải, kiểm tra với Pick Primers.

Mồi trái (chính) + Mồi phải (phụ 2)

 Kết quả: 2 mồi này không thể kết hợp với nhau (No Acceptable Primers Were Found)

Mồi trái (chính) + Mồi phải (phụ 3)

Kết quả: 2 mồi này kết hợp tốt với nhau (sản phẩm PCR là 552 bp)

Mồi trái (chính) + Mồi phải (phụ 4)

Kết quả: 2 mồi này cũng kết hợp tốt với nhau (sản phẩm PCR là 551 bp)

Như vậy bạn có thể sử dụng 1 trong 2 cặp mồi sau để thực hiện phản ứng PCR đặc hiệu cho gene eGFP:

Cặp 1:

Mồi xuôi (Forward primer): 

eGFP-FW: ACGTAAACGGCCACAAGTTC

Mồi ngược (Reverse primer): 

eGFP-RV: ACTGGGTGCTCAGGTAGTGG

Cặp 2:

Mồi xuôi (Forward primer): 

eGFP-FW: ACGTAAACGGCCACAAGTTC

Mồi ngược (Reverse primer): 

eGFP-RV: CTGGGTGCTCAGGTAGTGGT

Blog sinh học - Sưu tầm - Chúc các bạn thành công